Booking.com üzerinden ödeme yapmak için iki ana yöntem bulunmaktadır: online ödeme ve otelde ödeme. Online ödeme durumunda, rezervasyon işlemi sırasında kredi kartı, debit kartı veya ön ödemeli kart gibi çeşitli ödeme yöntemleri kullanılabilir. Otelde ödeme seçeneğinde ise, konuklar konaklamaları için ücreti check-in işlemi sırasında otelde öderler. Rezervasyon yapmadan önce, her otelin iptal politikasını ve ödeme koşullarını dikkatlice okumak önemlidir.