Marmaray durakları sırasıyla şunlardır: 1. Halkalı 2. Mustafa Kemal 3. Küçükçekmece 4. Florya 5. Florya Akvaryum 6. Yeşilköy 7. Yeşilyurt 8. Ataköy 9. Bakırköy 10. Yenimahalle 11. Zeytinburnu 12. Kazlıçeşme 13. Yenikapı 14. Sirkeci 15. Üsküdar 16. Ayrılık Çeşmesi 17. Söğütlüçeşme 18. Feneryolu 19. Göztepe 20. Erenköy 21. Suadiye 22. Bostancı 23. Küçükyalı 24. İdealtepe 25. Süreyya Plajı 26. Maltepe 27. Cevizli 28. Atalar 29. Başak 30. Kartal 31. Yunus 32. Pendik 33. Kaynarca 34. Tersane 35. Güzelyalı 36. Aydıntepe 37. İçmeler 38. Tuzla 39. Çayırova 40. Fatih 41. Osmangazi 42. Darıca 43. Gebze.