Bafa Gölü'nün hikayesi, antik dönemlerde Ege Denizi'nin bir parçası olması ve Büyük Menderes Nehri'nin taşıdığı alüvyonlarla denizden ayrılarak bir göl haline gelmesiyle başlar. Süreç şu şekilde gelişmiştir: 1. Alüvyon Birikimi: Nehrin alüvyonları, Latmos Körfezi'ni önce tuzlu bir göl haline getirmiş, ardından kuzeydeki Çerçen Koyu'nu kaplayarak gölün alanını genişletmiştir. 2. Tatlı Su Gölü Oluşumu: Fazla suyun batı ucundaki bir gideğenle Büyük Menderes Nehri'ne akıtılması sonucu göl, yavaş yavaş tatlı su gölüne dönüşmüştür. 3. Tarihsel ve Kültürel Miras: Göl ve çevresi, antik Herakleia kenti gibi tarihi kalıntılar ve manastırlar gibi kültürel miraslarla zengindir. 4. Koruma Altına Alınması: 1994 yılında Bafa Gölü, Tabiatı Koruma Alanı ilan edilmiştir. Günümüzde Bafa Gölü, Türkiye'nin önemli kuş cennetlerinden biri olarak kabul edilmektedir.