Ağlayan Kaya'nın hikayesi, farklı bölgelerde farklı anlatımlarla yer almaktadır: 1. Manisa'daki Ağlayan Kaya: Yunan mitolojisine göre, Niobe'nin yedi kızı ve yedi oğlu olmuştur. 2. Şile'deki Ağlayan Kaya: Yörenin en varlıklı tüccarının kızı Eftelya ile öksüz çoban Mehmet'in karşılıklı ama kabul görmeyen aşkları sonucu el ele tutuşup kendilerini Şile denizine atmaları ve kayanın bu olaya şahit olup ağlaması hikayesi anlatılmaktadır. 3. Nevşehir'deki Ağlayan Kaya: Bu efsaneye göre de bir genç kız, sevdiği erkeğe kavuşamaz ve üzüntüsünden taş kesilir.