Tıbbi atık kovasının temizlenmesi için aşağıdaki adımlar izlenmelidir: 1. Atıkların boşaltılması sonrası: Eğer sıvı birikintisi varsa, talaş dökülerek sıvı emdirilir. Eldiven giyilir. Deterjanlı su ile kovanın tüm yüzeyleri, tekerlekler dahil, silinir. 2. Dezenfeksiyon: 1/10’luk sodyum hipoklorit (çamaşır suyu, bir litre suya 100 cc) solüsyonu hazırlanır. Hazırlanan solüsyonla tüm yüzeyler silinir. 3. Temizlik sonrası: Eldiven çıkarılır ve tıbbi atık torbasına atılır. Eller, "el hijyeni" prosedürüne uygun olarak yıkanır. Önemli notlar: Tıbbi atık kovası asla dökme su ile yıkanmaz ve atık suları depo dışına akıtılmaz. Temizlik sonrası kovanın kapısı ve içi, hayvan girişinden korunacak şekilde düzenlenmelidir. Temizlik ekipmanları, koruyucu giysiler, atık torbaları ve konteynerler, depoya yakın bir alanda saklanmalıdır.