Sultan Abdülhamit Han Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde aşağıdaki bölümler bulunmaktadır: Cerrahi Tıp Birimleri: Acil, Ağız ve Diş Hastalıkları, Anestezi ve Reanimasyon, Beyin ve Sinir Cerrahisi, Çocuk Cerrahisi, Genel Cerrahi, Göğüs Cerrahisi, Göz Hastalıkları, Kadın Hastalıkları, Kalp ve Damar Cerrahisi, Kulak Burun Boğaz Hastalıkları, Ortopedi ve Travmatoloji, Plastik ve Rekonstrüktif Cerrahisi, Üroloji. Dahili Tıp Birimleri: Alerji ve İmmünoloji, Cildiye, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Deniz ve Sualtı Hekimliği, Endokrinoloji, Enfeksiyon Hastalıkları, Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon, Gastroenteroloji, Göğüs Hastalıkları, Hematoloji, İç Hastalıkları, Nefroloji, Nöroloji, Psikiyatri, Tıbbi Onkoloji. Temel Tıp Birimleri: Biyokimya, Kan Merkezi, Mikrobiyoloji, Patoloji, Radyoloji.