Seckel sendromu, genellikle genetik mutasyonlardan kaynaklanır. Seckel sendromuna yol açabilecek bazı genetik faktörler: ATR ve NSD1 genlerindeki mutasyonlar; Ailevi kalıtım; Çevresel etkiler (gebelik döneminde zararlı maddelere maruz kalma). Ayrıca, hücre döngüsünde bozulmalar ve gelişimsel anomaliler de bu sendromun nedenleri arasında yer alabilir. Seckel sendromunun kesin nedeni tam olarak anlaşılamamış olsa da, genetik ve çevresel faktörlerin birlikte değerlendirilmesi, hastalığın nedenlerini anlamak açısından büyük önem taşır.