Ablasyon ameliyatının riskleri, kullanılan yönteme ve hastanın durumuna bağlı olarak değişir. Olası riskler arasında şunlar bulunur: Kan pıhtılaşması, enfeksiyon veya kanama. Kan damarı veya kalp kapakçığı hasarı. Farklı tipte düzensiz kalp ritmi. Kalp pili kullanımını gerektirebilecek yavaş kalp atış hızı. İnme veya kalp krizi. Ablasyon, uzman doktorlar tarafından dikkatle uygulanan bir prosedürdür ve modern tıp teknolojileri ile deneyimli sağlık ekipleri sayesinde genellikle güvenli bir şekilde gerçekleştirilir. Herhangi bir tıbbi işlemde olduğu gibi, ablasyon öncesinde de olası riskler hasta ile doktor tarafından detaylı bir şekilde tartışılır.