Pyrimetamin çeşitli paraziter hastalıkların tedavisinde kullanılan bir ilaçtır. Başlıca kullanım alanları: Toksoplazmoz: Pyrimetamin, sulfadiazin ile birlikte kullanılarak toksoplazmozun tedavisinde ve önlenmesinde etkilidir. Sistoisosporiasis: Pyrimetamin, Cystoisospora belli enfeksiyonlarının tedavisinde ve kronik bakım terapisinde kullanılır. Malarya: Geçmişte malaryanın önlenmesinde ve tedavisinde kullanılmışsa da, günümüzde pyrimetamin-dirençli suşların yaygınlaşması nedeniyle bu amaçla kullanımı önerilmemektedir. Pneumocystis jiroveci pnömonisi (PJP): Dapsone ile birlikte, HIV/AIDS hastalarında PJP'nin ikincil profilaksisi için kullanılır. Pyrimetamin, her zaman diğer ilaçlarla birlikte ve doktor gözetiminde kullanılmalıdır.