Ozon uygulaması, uzman hekim kontrolünde yapıldığında yan etki olasılığı düşük ve etkili bir tedavi yöntemidir. Ancak, ozon uygulamasının güvenilir olmadığı durumlar da vardır: Merdivenaltı merkezler: Ozon uygulaması, ciddi ve kurallarına uygun uygulayan merkezler kadar, merdivenaltı ve rant amaçlı çalışan merkezlerde de yapılabilir. Yanlış uygulama: Yanlış uygulama tekniği ve hatalı doz seçimi, nadir de olsa olumsuz sonuçlara yol açabilir. Bazı hastalıklar ve durumlar: Glikoz 6 fosfat dehidrogenaz enzim eksikliği, lösemi, hemofili, yeni kalp krizi geçirme durumu, hamilelik, kontrol edilemeyen hipertiroidi ve kardiyovasküler hastalıklar gibi durumlarda ozon tedavisi uygulanmaz. Ozon uygulaması yaptırmadan önce, olası risklerin ve yan etkilerin iyi araştırılması ve bir uzmana danışılması önerilir.