Mikrobiyom, belirli bir alanı veya ekosistemi kolonize eden bakteri, virüs, mantar ve diğer mikroskobik canlıların tamamı için kullanılan bir kavramdır. Mikrobiyota ise belirli bir ortamda bulunan mikroorganizmaların benzersiz birleşimidir. Mikrobiyom, yaşayan bu mikroorganizmaların kolektif genomlarının bütününü kapsayan bir terimdir. Mikrobiyota, konak canlının immünolojik, hormonal ve metabolik homeostazı açısından çok önemlidir. İnsan mikrobiyomunun beslenme, bağışıklık, davranış ve kronik hastalıklar olmak üzere sağlık üzerinde dört alanda önemli etkileri olduğu bilinmektedir. İnsan mikrobiyotası bakteriler, mantarler, arkeler ve virüslerden oluşur.