Mikrocerrahi, zor bir ameliyat olarak kabul edilir çünkü bu tür ameliyatlar, çok küçük damar ve sinirlerin hassas bir şekilde birleştirilmesini gerektirir. Mikrocerrahi ameliyatlarının diğer zorlukları arasında yüksek başarı şansına rağmen başarısızlık riski ve ameliyat sonrası dokunun yeni bölgede yaşamaması gibi durumlar yer alır. Ancak, gelişen teknolojiler ve cerrahların deneyimi, mikrocerrahi operasyonlarının minimum seviyede risk barındırmasını sağlar.