Endoskopi ve kolonoskopi genellikle güvenli işlemlerdir, ancak bazı riskler taşıyabilirler. Endoskopinin olası yan etkileri: Birkaç gün sürebilen boğaz ağrısı; Anesteziye bağlı halsizlik; Şiddetli mide yanması, karın ağrısı, kan gelmesi, kusma, nefes zorluğu gibi durumlar. Kolonoskopinin olası komplikasyonları: Kanama. Delinme. Anestezi komplikasyonları. Genel olarak, komplikasyon riski düşüktür ve 1000'de 1'den az kişide ciddi bir komplikasyon gelişir. Her iki işlem de uzman sağlık personeli tarafından yapılmalıdır. İşlem sonrası herhangi bir komplikasyon belirtisi gözlemlenirse, derhal tıbbi yardım alınmalıdır.