Araştırma hastanelerinde bulunan bazı bölümler şunlardır: Acil Tıp; Adli Tıp; Ağız, Diş, Çene Hastalıkları ve Cerrahisi; Aile Hekimliği; Algoloji (Anesteziyoloji ve Reanimasyon); Beyin ve Sinir Cerrahisi; Cerrahi Onkoloji; Çocuk Acil; Çocuk Alerjisi; Çocuk Cerrahisi. Ayrıca, kardiyoloji, nöroloji, ortopedi, pediatri, göz hastalıkları, psikiyatri, radyasyon onkolojisi, tıbbi genetik, üroloji gibi bölümler de araştırma hastanelerinde yer almaktadır. Araştırma hastanelerindeki bölümler, hastaneye ve sunulan hizmetlere göre değişiklik gösterebilir.