Göçmen Sağlığı Merkezi'nde aşağıdaki bölümler bulunmaktadır: 1. Aile Sağlığı Merkezleri: Ayakta tanı ve tedavi hizmetleri, bağışıklama ve bulaşıcı hastalıklarla mücadele hizmetleri sunar. 2. Toplum Sağlığı Merkezleri: Kadın ve üreme sağlığı hizmetleri, bebek, çocuk ve ergen sağlığı gibi genel sağlık hizmetleri sunar. 3. Güçlendirilmiş Göçmen Sağlığı Merkezleri (GGSM): Dâhiliye, çocuk, kadın-doğum, ağız-diş sağlığı ve psikososyal destek hizmetleri sunar. 4. Gönüllü Sağlık Merkezleri: Ruh sağlığı ve fiziksel rehabilitasyon hizmetleri sunar. 5. Kadın Sağlığı Danışma Merkezleri: Kadın ve kız çocuklarına yönelik cinsel sağlık, üreme sağlığı ve toplumsal cinsiyete dayalı şiddet hizmetleri sunar.