Fonksiyonel tıpta tedavi edilen bazı hastalıklar: Kronik hastalıklar: Tip 2 diyabet, kardiyovasküler hastalıklar, otoimmün hastalıklar, fibromiyalji. Sindirim sistemi problemleri: İrritabl bağırsak sendromu (IBS), inflamatuar bağırsak hastalığı (IBD). Hormonal dengesizlikler: Tiroid problemleri, adrenal disfonksiyon, östrojen ve testosteron dengesizlikleri. Bağışıklık sistemi bozuklukları: Lupus, romatoid artrit, tiroidit gibi otoimmün hastalıklar. Nörolojik sorunlar: Migren, kronik baş ağrısı, depresyon, anksiyete. Metabolik sendrom: Obezite, yüksek kan basıncı, yüksek kolesterol, insülin direnci. Kısırlık ve kanser: Fonksiyonel tıp, bu hastalıkların tedavisinde ve korunmasında destek sağlar. Fonksiyonel tıp, hastalıkların temel nedenlerini anlamaya ve ele almaya odaklanır.