Fluconazole, aşağıdaki mantar türlerine karşı etkilidir: Candida cinsi mantarlar; Cryptococcus neoformans gibi diğer mantar enfeksiyonları; Blastomikoz, koksidiyomikoz, histoplazmoz ve dermatofitoz gibi hastalıklar. Fluconazole, ayrıca vajinal kandidiyaz, ağız ve boğaz kandidiyazı ve sistemik mantar enfeksiyonlarının tedavisinde de kullanılır.