ETS ameliyatı (Endoskopik Torakoskopik Sempatektomi) riskli bir cerrahi işlemdir ve her ameliyatta olduğu gibi çeşitli komplikasyonlar içerebilir. Genel anestezi ve ameliyata bağlı riskler arasında şunlar bulunur: kullanılan ilaçlara alerjik reaksiyonlar; solunum problemleri; kanama, kan pıhtıları veya enfeksiyon. ETS prosedürüne özgü riskler ise şunlardır: göğüs boşluğunda kan birikmesi (hemotoraks); göğüs boşluğunda hava toplanması (pnömotoraks); bölgeden geçen atardamar veya sinirlerde hasar; sinir hasarına bağlı Horner sendromu (azalmış yüz terlemesi ve sarkık göz kapakları); terlemede artış; vücudun diğer bölgelerinde terleme artışı (kompansasyon terlemesi); kalp atışında yavaşlama; zatürre. ETS ameliyatının uygun bir seçenek olup olmadığını belirlemek için bir uzmana danışılması önerilir.