Down sendromu, birçok organ ve sistemde zararlara yol açabilir. En çok zarar gören organlar arasında şunlar bulunur: Kalp: Down sendromlu bebeklerin yaklaşık yarısında doğuştan kalp kusurları görülür. Sindirim sistemi: Sindirim sistemi defektleri ve gastroözafagal reflü hastalığı riski artar. Bağışıklık sistemi: Down sendromlular, bağışıklık sistemlerindeki anormallikler nedeniyle enfeksiyonel ve otoimmün hastalıklar ile bazı kanser türlerine karşı daha hassastır. Gözler: Gözlerde nistagmus, strabismus ve katarakt gibi problemler ortaya çıkabilir. Solunum sistemi: Uyku apnesi ve sık tekrarlayan üst ve alt solunum yolu enfeksiyonları riski yüksektir.