Kara Ahmed Paşa, 28 Eylül 1555 tarihinde, Şehzade Mustafa'ya olan yakınlığı ve destekleyici tavrı nedeniyle idam edilmiştir. Dönemin tarihçileri ve gözlemcileri bu olay hakkında farklı tezler öne sürmüştür: Celâlzâde Mustafa Çelebi, Ahmed Paşa’nın devlet işlerini yürütmede yetersiz kaldığını ve Nahcıvan seferindeki hataları nedeniyle görevinden alındığını belirtmiştir. Hasburg elçisi Busbecq, Ahmed Paşa’nın idamına Şehzade Mustafa’ya olan yakınlığının ve destekleyici tavrının neden olduğunu yazmıştır. Katip Çelebi ise bu infazın ardında Rüstem Paşa’nın yeniden sarayda etkinlik kazanma arzusunun olduğunu ileri sürmüştür. Avusturyalı tarihçi Hammer, Ahmed Paşa’nın güvenilirliğini sarsan, Mısır Valisi Dukakin Mehmed Paşa’nın topladığı yüksek vergiler ve halkın bu vergileri baskıyla ödemesi gerektiğini düşünmesinin idamın kıvılcımı olmuş olabileceğini savunmuştur. Ahmed Paşa'nın idamına dair net bir sebep hiçbir zaman ortaya konulamamıştır.