Bursa Yüksek İhtisas Eğitim ve Araştırma Hastanesi Ana Binası'nda aşağıdaki bölümler bulunmaktadır: Cerrahi Klinikler: Üroloji, Plastik, Estetik ve Rekonstrüktif Cerrahi, Ortopedi ve Travmatoloji, Kulak Burun ve Boğaz Hastalıkları, Kalp Damar Cerrahisi, Kadın Hastalıkları ve Doğum, Göz Hastalıkları, Göğüs Cerrahi, Genel Cerrahi, Çocuk Cerrahi, Beyin ve Sinir Cerrahisi, Anesteziyoloji ve Reanimasyon. Dahili Klinikler: Acil Tıp, Adli Tıp, Aile Hekimliği, Cildiye, Çocuk Ruh Sağlığı ve Hastalıkları, Dahiliye (İç Hastalıkları), Enfeksiyon Hastalıkları, Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon, Göğüs Hastalıkları, Psikiyatri (Ruh ve Sinir Hastalıkları). Ayrıca, Ek Hizmet Binaları olarak Kadın Doğum ve Çocuk Hastalıkları, Dörtçelik Ruh Sağlığı ve Hastalıkları, KVC, Nilüfer ve Osmangazi ek binaları da mevcuttur.