Parkinson beyin pili ameliyatı, diğer cerrahi müdahaleler gibi bazı riskler taşır. Bu riskler arasında: Beyindeki bölgeye elektrot yerleştirilirken kanama riski. Cihazın yerleştirilmesi sırasında veya sonrasında enfeksiyon gelişme riski. Cerrahi işlem sırasında genel ya da lokal anestezi uygulanmasına bağlı olarak alerjik reaksiyon veya solunum problemleri. Depresyon, anksiyete veya duygusal değişimler gibi yan etkiler. Hafıza, konsantrasyon ve düşünme süreçlerinde bazı değişiklikler. Kas güçsüzlüğü, denge problemleri veya koordinasyon bozuklukları. Ameliyatın riskleri, hastanın genel sağlığı, yaşı ve hastalığın evresi gibi bireysel faktörlere bağlı olarak değişebilir. Beyin pili ameliyatı olmayı düşünen hastaların, bu riskleri ve faydaları detaylı bir şekilde doktorlarıyla tartışmaları önemlidir.