Baker kisti genellikle ameliyat gerektirmez, ancak bazı durumlarda cerrahi müdahale gerekebilir. Cerrahi müdahale gerektiren durumlar: Kistin patlaması: Kist patladığında, şiddetli ağrı, şişlik ve morarma oluşur ve bu durumda acil tedavi gerekebilir. Şiddetli ağrı ve hareket kısıtlılığı: Ağrı dayanılmaz hale gelirse ve kistin altında yatan neden tedavi edilemezse cerrahi müdahale düşünülebilir. Kistin tekrarlaması: Aspirasyon sonrası kist tekrarlıyorsa, cerrahi müdahale önerilebilir. Cerrahi yöntemler: Artroskopik cerrahi: Diz eklemindeki hasarları teşhis ve tedavi etmek için küçük kesilerle yapılan kapalı bir yöntemdir. Açık kist eksizyonu: Büyük kistler veya sinir-damar sorunlarına neden olan kistlerde uygulanan açık cerrahi yöntemdir. Cerrahi müdahale kararı, hastanın durumuna göre doktor tarafından verilmelidir.