Mide balonunda en büyük risk olarak balonun patlaması veya sızdırması gösterilebilir. Bu durumlar oldukça nadir görülse de, balonun delinmesi halinde bağırsaklara ilerlemesi ve ek operasyon gerektirmesi gibi ciddi sonuçlar doğurabilir. Mide balonunun diğer riskleri arasında kanama, anestezi komplikasyonları, mide ülseri, mide delinmesi, enfeksiyon, bulantı, kusma ve karın ağrısı gibi yan etkiler de bulunmaktadır. Herhangi bir tıbbi işlemde olduğu gibi, mide balonu uygulamasında da olası yan etkiler ve komplikasyonlar hakkında doktorla detaylı bir şekilde görüşülmesi önemlidir.