Sonic.EXE, 2011 yılında JC-the-Hyena tarafından yazılan bir creepypasta hikayesine dayanmaktadır. Özetle, hikaye şu şekilde gelişmektedir: 1. Tom, arkadaşı Kyle'dan gelen ve üzerinde "SONIC.EXE" yazılı olan şüpheli bir CD alır. 2. CD'yi takıp oyunu kurduğunda, ilk başta her şey normal görünür. 3. Ancak, oyun sırasında bir şeyler ters gider ve her şey şeytani bir hale gelir. 4. Oyun boyunca Tom, ölü hayvanlar, çarpık seviye tasarımları ve oyunun karakterlerinin ifadelerinin değişmesi gibi rahatsız edici olaylarla karşılaşır. 5. Sonunda, bilgisayar beklenmedik bir şekilde kapanır ve Tom, oyunu bilgisayardan kaldırmakta zorlanır. Hikaye, Sonic.EXE adlı bir fangame'in 2012 yılında piyasaya sürülmesine ilham vermiştir.