Prey 2, ilk oyunun aksine, Tommy Tawodi'nin bir klon ordusu tarafından takip edildiği bir döngüyü konu alır. Oyunun sonunda, Samuels Dünya'ya geri döner, mutlu bir hayat yaşar ve sonunda huzur içinde ölür; ancak her şey bir döngüdür ve sonunda yine aynı hayata geri döner. Ayrıca, Prey 2 adıyla, 20th Century Studios tarafından geliştirilen ve orijinal Predator filminin öncesinde geçen bir yapım da bulunmaktadır.