Prey 2, ilk oyunun aksine, Tommy Tawodi'nin bir klon ordusu tarafından takip edildiği bir döngüyü konu alır 2. Oyuncu, Killian Samuels ile birlikte bu klonların peşine düşer ve her ölümde bilincin yeni bir klana geçiş yaptığı bir dünyada, kötüleri yok etmeye çalışır 2.

Oyunun sonunda, Samuels Dünya'ya geri döner, mutlu bir hayat yaşar ve sonunda huzur içinde ölür; ancak her şey bir döngüdür ve sonunda yine aynı hayata geri döner 2.

Ayrıca, Prey 2 adıyla, 20th Century Studios tarafından geliştirilen ve orijinal Predator filminin öncesinde geçen bir yapım da bulunmaktadır 4. Bu yeni Prey 2, 300 yıl önce Dünya'ya ilk gelen Predator'un, Komançiler döneminde geçen hikayesini anlatır 4.