Pokémon X ve Y oyunlarının hikayeleri temelde aynıdır, ancak bazı farklılıklar içerir. Her iki oyunda da oyuncu, Profesör Sycamore ile birlikte Kalos bölgesinde bir Pokémon eğitmeni olarak maceraya atılır ve Pokémon Ligi Şampiyonu'na meydan okumaya çalışır. Farklılıklar ise son bölümde ortaya çıkar: Ana karakterin karşılaştığı efsanevi Pokémon, hikayenin gidişatını etkiler.