Naruto Shippuuden animesinin en güçlü bölümü konusunda kesin bir görüş yoktur, ancak bazı bölümler izleyiciler tarafından öne çıkarılmaktadır: 86 ve 87. bölümler: Bu bölümlerde akıl dolu hamleler, üst düzey jutsular ve Naruto'nun Fuuton, Rasen-Shuriken tekniği ilk kez görülür. 366. bölüm: Pain ile Naruto arasındaki konuşma odaklı bu bölüm, izleyicileri ekran başına kilitleyen bir atmosfere sahiptir. 164. bölüm: Naruto'nun Sage Modu'na geçtiği ve stratejisini kullanarak savaştığı bu bölüm, dövüş sahneleri açısından dikkat çekicidir.