Mortal Kombat 1, Liu Kang'in evreni yeniden yaratmasını ve Outworld ile kurduğu ittifakı konu alır. Hikaye, Liu Kang'in Kronika ve Shang Tsung'u yenmesinin ardından, evrenin kontrolünü Geras'a bırakarak Dünya'nın koruyucusu olmasıyla başlar. Liu Kang, son turnuvada yarışmak üzere Kung Lao, Raiden, Johnny Cage ve Kenshi gibi dövüşçüleri bir araya getirir. Liu Kang, Kenshi, Kung Lao ve Johnny Cage'i Shang Tsung'u araştırmak üzere görevlendirir. Hikaye, Liu Kang'in şampiyonlarını bir akşam yemeğinde kutlaması ve ardından Scorpion ile Smoke'a Earthrealm'i gelecekteki çatışmalara karşı hazırlamalarına yardım etmesiyle sona erer. Oyunun sonunda, alternatif bir zaman çizgisinden gelen savaşçılar, Liu Kang ve Shang Tsung'un savaşını gözlemler. Hikaye, serinin önceki oyunlarından farklı olarak daha sakin bir tempoya sahiptir.