MiSide oyunu, psikolojik korku ve görsel roman unsurlarını birleştiren bir hikayeye sahiptir. Oyunun konusu şu şekilde özetlenebilir: Ana karakter, mobil bir oyunda sanal bir kız olan Mita'ya bakmakla görevlendirilir. Bu süreçte, her biri hikayede farklı bir role sahip olan diğer karakterlerle tanışır.