"Kuromukuro" animesi, Edo döneminden gelen bir samuray robotu olan Kuromukuro ve modern bir lise öğrencisi olan Yukina'nın, dünya dışı bir güç olan Efy Dolgh'a karşı verdikleri mücadeleyi konu alır 124.

Ana hikaye, Kurobe Barajı'nın inşası sırasında keşfedilen ve Birleşmiş Milletler tarafından araştırılan eski bir aygıt olan Kuromukuro'nun, BM'nin en etkili silahı haline gelmesiyle gelişir 24. Yukina, bu aygıtla biyometrik olarak senkronize olur ve Kennosuke ile birlikte, dünyayı işgal eden Efy Dolgh'a karşı savaşır 24.

Bölümler boyunca, karakterler geçmişlerinin sırlarını çözmeye çalışırken, yeni düşmanlarla karşılaşırlar ve aralarındaki bağlar güçlenir 135.