Killzone 2, iki insan ırkı arasında bir süre önce Dünya'da yaşanan ve "İlk Helghan/Vektan Savaşı" olarak anılan savaşın ardından, Helghast'ların intikam amacıyla Vekta'ya saldırmasını konu alır. Hikaye, ISA'nın (Interplanetary Strategic Alliance) Helghast lideri Visari'yi yakalamak ve Helghast'ları tekrar huzura kavuşturmak için Helghan'ın ana merkezine düzenlediği bir indirme operasyonuyla devam eder. Oyunun ana karakteri, birinci sınıf çavuş Tomas "Sev" Sevchenko'dur.