Kaku: Ancient Seal, uzak bir köyde yaşayan Kaku adlı bir çocuğun, köydeki yaşlı bir şamanın kehaneti doğrultusunda dört elementin (doğa, su, ateş, yıldırım) gizli güçlerine sahip antik mühürleri açarak dünyaya düzeni geri getirme macerasını anlatıyor 13.

Kaku, her biri ayrı bir elementi barındıran ve bu güçlerle korunan gizli bölgelerde yer alan dört kutsal mührü bulmak ve açmakla görevlendirilmiştir 1. Bu bölgeler, hafızalardan silinmiş ve zamanla korkunç yaratıklarla dolu yerlere dönüşmüştür 1. Kaku, bu tehlikeli toprakları aşmalı ve karmaşık bulmacaları çözerek mühürleri açmalıdır 1.

Hikaye ilerledikçe Kaku, her şeyin göründüğü gibi olmadığını anlarken yeni müttefikler edinir ve her bölgenin kendine has "ponpon" yerlileriyle tanışır 1.