Kaku: Ancient Seal, uzak bir köyde yaşayan Kaku adlı bir çocuğun, köydeki yaşlı bir şamanın kehaneti doğrultusunda dört elementin (doğa, su, ateş, yıldırım) gizli güçlerine sahip antik mühürleri açarak dünyaya düzeni geri getirme macerasını anlatıyor. Kaku, her biri ayrı bir elementi barındıran ve bu güçlerle korunan gizli bölgelerde yer alan dört kutsal mührü bulmak ve açmakla görevlendirilmiştir. Hikaye ilerledikçe Kaku, her şeyin göründüğü gibi olmadığını anlarken yeni müttefikler edinir ve her bölgenin kendine has "ponpon" yerlileriyle tanışır.