Inazuma Eleven GO: Chrono Stone animesi, Inazuma Eleven GO adlı ilk animenin Holy Road Turnuvası finallerinin ardından geçen bir hikayeyi anlatıyor 35.

Kahraman Tenma Matsukaze, çocuklara futbol öğretmek için Japonya'yı dolaştıktan sonra görevi tamamlayıp Raimon Ortaokuluna geri döner 3. Ancak, artık hatırladığı Raimon değildir; futbol kulübü yoktur ve şampiyon takım üyelerinin hiçbiri turnuvaya katıldıklarını hatırlamaz 35.

Alpha adlı bir adam, Tenma'nın karşısına çıkar ve onun ve ekibinin, Raimon'daki futbol sevgisini ve kulüp üyelerinin anılarını silmenin sorumlusu olduğunu açıklar 35.

Tam o sırada, onu kurtarmak için Fei Rune adında bir çocuk ortaya çıkar 3. Alpha'nın neden futbolu tamamen ortadan kaldırmak istediğini ve Fei'nin kim olduğunu öğrenmek için Tenma, her şeyini ortaya koyması gerektiğini anlar 3.

Hikaye, futbola yönelik bu tehdidi ele alırken, Raimon'un futbolu koruma çabalarını da işliyor 3.

Ayrıca, Inazuma Eleven GO: Chrono Stone animesi, 2012 Animage's Anime Grand Prix Ödülü'nü kazanmıştır 3.