Half-Life serisinin hikayesi, farklı oyun ve bölümlere göre çeşitli şekillerde bitebilir: Half-Life 1: Gordon Freeman, G-Man ile karşılaştıktan sonra bir seçim yapmak zorunda kalır: ya ölmek ya da G-Man için çalışmak. Half-Life 2: Gordon, Hisar'ı yok ettikten sonra Alyx'in mekanik köpeği tarafından kurtarılır ve direnişe katılır. Half-Life 2: Episode 2: Hikaye, Alyx ve Gordon'un İmparatorluk saldırısından kaçmasıyla sona erer. Half-Life serisinin devamı olan oyunlar ve bölümler henüz çıkmadığı için, hikayenin tam olarak nasıl biteceği belirsizdir.