Half-Life hikayesi, Gordon Freeman'ın Xen'deki görevi başarıyla tamamlamasıyla biter. Son olaylar şu şekilde gelişir: 1. Freeman, Nihilanth'ı öldürdükten sonra bayılır ve G-Man'in önünde uyanır. 2. Freeman teklifi kabul eder ve sonsuz bir uykuya yatar. 3. Black Mesa'daki felaketten 20 yıl sonra, G-Man Freeman'ı uyandırır ve onu City 17'ye giden bir trene bindirir. 4. Freeman, direnişin bir üyesi olan Alyx Vance ile tanışır ve birlikte İmparatorluk güçlerine karşı savaşırlar. 5. Sonunda, Freeman ve Alyx, İmparatorluk portalını kapatmayı başarır ve dünya kurtulur.