Duel Masters, kart oyunu etrafında dönen bir hikayeye sahiptir 2.

Seri, Duel Masters kart oyununu oynayan genç bir çocuk olan Shobu Kirifuda'nın hikayesini anlatır 2. Shobu, babası gibi en iyi düellocu olabilmek için bu kart oyununa girer ve kartlardaki canavarları düellolarında canlandırır 2.

Ayrıca, 2004 yapımı bir anime televizyon dizisi de bulunmaktadır 5. Bu yapımın konusu ise, Shobu'nun babası ona kendi destesini verip gittikten sonra, onun da babası gibi Kaicudo Ustası olmak istemesi ve arkadaşlarının desteğiyle tapınağa katılarak tapınağın lideriyle karşılaşmak için çalışmalara başlaması olarak özetlenebilir 5.