"Böcek Avcısı" mangası, okulda sıradan bir günde sınıf öğretmeninin dev bir böceğe dönüşmesi ve öğrencilerin çoğunu öldürmesiyle başlar .
Kalan öğrenciler, Kara Karınca'nın ortaya çıkmasıyla kaçmayı başarır ve böceklerin (İnsektörlerin) bir şehir efsanesi olmaktan çıkıp medya ve sosyal ağların ilgi odağı haline gelmesiyle birlikte, hükümet bu canavar böcekleri avlamak için "Böcek Orakçıları" adlı gizli bir birlik kurar .
Hikayenin ana karakteri Kara Karınca, aslında vücudunda birçok karıncaya yuvalık eden ve onlarla birlikte yaşayabilmek için sürekli diğer böceklerle savaşmak zorunda olan sıradan bir lise öğrencisidir .