Black Desert Online'ın hikayesi, dört ana bölge olan Calpheon, Serendia, Balenos ve Mediah'ın Valencia ile olan çatışmaları etrafında döner 13.

Olayların başlangıcı, Valencia'dan gelen tüccarların, Mediah'ın doğusunda yer alan ve ticareti kontrol eden bir bölgede kara ölüm olarak bilinen bir hastalığı yaymasıyla gerçekleşir 3. Bu hastalık nedeniyle birçok kişi ölür ve hayatta kalanlar paranoya nedeniyle sürgün edilir 3.

30 yıl süren savaşın ardından ittifak, Valencia ile yeniden ticaret yapmaya başlar 34. Ancak diğer bölgeler de kara taşların önemini fark edince, bu değerli taşları aramak için Mediah'a akın ederler 4. Calpheon'un kendi topraklarında kara taşlar bulunmadığından, diğer ülkelerden çalmaya başlaması gerilimi artırır 4.

Hikaye, bu çatışmaların yarattığı kaos ve kahramanların bu durumu sona erdirme çabaları üzerine kuruludur 4.