BioShock 1, 1960 yılında geçen bir hikayeye sahiptir. Hikayenin ana hatları: - Andrew Ryan adlı iş insanı, hükûmetten bağımsız bir ütopya kurmak ister ve Rapture'ı inşa eder. - ADAM adı verilen ve süper insan güçleri veren bir plazmidin keşfi, şehrin sonunu hazırlar. - Jack, şehirden kaçmaya çalışırken, mutasyona uğramış ve mekanik varlıklarla mücadele eder ve şehrin az sayıda sağ kalan sakinleriyle karşılaşır. - Hikayenin temelinde, Ayn Rand'ın objektivizm düşüncesi ve George Orwell gibi yazarlardan etkiler bulunur. Oyunun sonunda, oyuncunun Küçük Kız Kardeşler ile olan etkileşimine bağlı olarak üç farklı sondan biri gerçekleşir.