Baldur’s Gate 3, Faerûn’un istila edilmesi sonrası Mind Flayer (Illithid) ırkı tarafından esir alınan bir karakterin hikayesini anlatıyor. Karakter, beynine yerleştirilen ve onu bir Mind Flayer’a dönüştürebilecek bir parazitten kurtulmaya çalışıyor. Hikaye boyunca, oyuncu çeşitli karakterlerle karşılaşıyor, ejderhalarla savaşıyor, goblin kampını basıyor ve kendi seçimlerini yaparak hikayenin gidişatını etkiliyor.