Baldur's Gate 3, oyuncunun verdiği kararlara göre şekillenen bir hikaye sunar. Oyunun hikayesi kısaca şu şekilde özetlenebilir: Oyuncu, "iribaş" denen bir parazit nedeniyle Zihinyüzenler tarafından kaçırılır. Bu parazitten kurtulmaya çalışırken çeşitli problemlerle karşılaşır; örneğin, ejderhalarla savaşabilir veya goblin kampını basabilir. Yoldaşlarıyla yakın bir ilişki kurabilir ve onların hikayelerinde onlara ortaklık edebilir. Hikayenin bazı özellikleri: Yan görevler: Ana hikaye akışının etrafında şekillenir ve ana görevden uzaklaşılsa bile her bir yan görev unutulmaz ve el emeği bir rol yapma tecrübesi sunar. Karakter gelişimi: Her karakterin, önemli ölçüde büyüme ve değişme potansiyeli taşıyan zengin bir arka planı vardır. Özgürlük: Oyuncu, haritada işaretli görev bölgelerine giden yolları ve farkında olmadan seçtiği şeyleri karar olarak sayabilir. Oyunun 17 bin farklı sonu olduğu söylenmektedir.