Assassin's Creed 1, 12. yüzyılda Üçüncü Haçlı Seferi sırasında Kutsal Topraklar'da geçen bir hikayeyi anlatır. Oyunun konusu: - Desmond Miles, bir barmeni canlandıran oyuncu, Abstergo Industries tarafından kaçırılır ve atası Altaïr Ibn-La'Ahad'ın genetik anılarını canlandıran Animus adlı bir makineye bağlanır. - Altaïr, Tapınak Şövalyeleri'nin önemli bir eseri ele geçirmesini engellemekle görevlendirilir. - Altaïr, dokuz kişiyi öldürerek onurunu geri kazanmaya çalışır ve her bir hedefin, "Cennetin Parçaları" olarak bilinen ve Tapınak Şövalyeleri tarafından aranan objeleri aradığını öğrenir. - Sonunda, Kral Aslan Yürekli Richard'ın önünde Tapınak Şövalyeleri'nin lideri Robert de Sablé ile yüzleşir ve onu ihanetle suçlar. - Altaïr, Al Mualim'in insanları hipnotize etmek için Cennetin Parçası'nı kullandığını keşfeder ve onu öldürerek çatışmaya son verir. Oyun, iki antik mezhep arasındaki mücadeleyi ve bu mücadelenin ardındaki sırları ortaya çıkarır.