Sancaktepe Metrosu, M5 (Üsküdar – Samandıra Merkez) Hattı üzerinde yer almakta olup, şu anda Üsküdar'dan Samandıra Merkez'e kadar hizmet vermektedir. M4 (Kadıköy – Tavşantepe) Hattı'nın Sancaktepe'ye kadar uzatılması planlanmaktadır, bu uzatma ile Pendik ve Kartal bölgelerinden Sancaktepe'ye doğrudan ulaşım sağlanacaktır. Proje aşamasında olan M34 Hattı da Sancaktepe'de yer almaktadır.