Rahmi M. Koç Müzesi'nde uçakların bulunmamasının nedeni, müzenin koleksiyonunun belirli bir temaya odaklanmış olması ve uçakların bu tema kapsamında yer almaması olabilir. Müze, ulaşım, endüstri ve iletişim tarihine adanmış olup, ağırlıklı olarak bu alanlarda objeler sergilemektedir. Ancak, müzede çeşitli ulaşım araçlarına ait sergiler bulunmaktadır. Bunlar arasında uçaklar, lokomotifler, klasik otomobiller ve denizcilikle ilgili objeler yer almaktadır. Ayrıca, 2024 yılında TCG Uluçalireis denizaltısı, bakım ve onarım amacıyla Gölcük Tersanesi'ne götürülmüş ve kalıcı olarak İstanbul Rahmi M. Koç Müzesi'nden ayrılarak Çanakkale Deniz Müzesi’nde sergilenmeye başlanmıştır.