Rahmi Koç Müzesi'nde şu bölümler bulunmaktadır: 1. Çengelhan ve Safranhan: Müzenin tarihi bölümleri olup, Kanuni Sultan Süleyman döneminde yaptırılmıştır. 2. Lengerhane: Denizcilikle ilgili eserlerin sergilendiği bölüm. 3. Tersane: Vapurların bakım ve onarımı için kullanılan, denizcilik koleksiyonunun yer aldığı bölüm. 4. Dış Mekan Sergi Alanı: Haliç kıyısında, açık hava sergilerinin yapıldığı alan. 5. Nostaljik Dükkanlar: 19. yüzyıldan kalma atölyeler ve dükkanların canlandırıldığı bölüm. 6. İletişim Araçları: Telefon, telgraf ve sinema makineleri gibi iletişim aletlerinin sergilendiği bölüm. 7. Makineler ve Modeller: Buhar motorları, içten yanmalı motorlar gibi makinelerin ve modellerin sergilendiği bölüm.