Nötralizasyon sistemi genellikle üç ana aşamada çalışır: 1. pH Ölçümü: Atıkların pH seviyesi özel sensörler aracılığıyla ölçülür ve asidik ya da bazik değeri yüksek olan sıvılar nötralizasyon işlemine alınır. 2. Kimyasal Ekleme: Tank içerisindeki pH değerini dengelemek için asit veya baz eklenir. 3. Karıştırma: Kimyasal maddeler tank içinde homojen bir şekilde karıştırılarak nötralizasyon sağlanır. Son aşamada, nötralize edilmiş sıvı çevreye zarar vermeyecek şekilde tahliye edilir. Gaz klorlama tesislerinde ise nötralizasyon sistemi şu şekilde çalışır: 1. Klor kaçağını algılayan sensörler aracılığıyla, klor gazı emiş kanallarından gaz yıkama kulesine sevk edilir. 2. Sodyum hidroksit (kostik) tankına bağlı pompalar devreye girer ve klor gazını nötralize etmek için kuledeki sprey nozullarından kostik püskürtülür. 3. Nötralize edilen gaz, çıkış bacalarından yıkanmış olarak atmosfere verilir.