Marmaray ve metro aynı ulaşım sistemleri değildir, ancak birbirleriyle entegre çalışmaktadırlar. Marmaray, Avrupa ve Asya kıtalarını deniz altından geçen bir demiryolu projesidir ve daha çok şehirler arası bir ulaşım sağlar. Metro ise şehir içine doğru yayılan, daha çok şehir içi ulaşımda kullanılan bir raylı sistemdir. İki sistem, özellikle Yenikapı durağında birbirleriyle bağlantılıdır ve yolcular bu durakta aktarma yaparak yolculuklarına devam edebilirler.